I primi segni di un sistema medico esistevano in Cina già nel periodo Shang (ca. 1600-1100). Questo sistema medico aveva però poco a che fare con la Medicina tradizionale cinese praticata oggi.
Nel periodo Shang veniva ancora praticata prevalentemente la medicina ancestrale: le malattie erano un’espressione dei desideri di antenati irritati o insoddisfatti. La terapia consisteva quindi nell’accontentare gli antenati offrendo loro doni terreni come cibo, indumenti, tè e altri «sacrifici».
Durante il successivo periodo Zhou (1027-221 v.Chr.), la pratica della medicina subì grandi cambiamenti. A seguito dell’influsso delle filosofie taoistiche e confuciane, che nacquero anche per porre fine alle guerre confuse di questo oscuro periodo, si sviluppò un nuovo sistema medico.
Pensieri legati alla filosofia di Confucio come le «equivalenze sistematiche» (per
esempio «Yin e Yang» e le «5 fasi di trasformazione») e idee taoistiche come «microcosmo-macrocosmo» e «la vita con e nel flusso della natura» iniziarono a permeare le nuove idee della medicina e costituirono le basi delle prime opere fondamentali, pubblicate poco dopo, della medicina cinese praticata ancora oggi.
Poco prima dell’anno zero (221 a. C.) Shi Huang-Di unì la Cina dopo molte centinaia di anni di guerre. Completamente preso dal pensiero di eliminare le vecchie idee, ordinò di bruciare tutti i libri. Fortunatamente escluse da questo ordine quelli di medicina, conservazione delle foreste e agronomia.
Shi Huang-Di istituzionalizzò e standardizzò titoli, larghezza delle ruote dei carri, misure ed altro. Fece costruire strade e canali e realizzò una grande capitale facendo trasferire migliaia di famiglie. Venne istituzionalizzata e standardizzata anche la medicina praticata a quei tempi. 
La successiva dinastia Han (206 a.C. – 220 a.C.), alla quale faceva allora capo inizialmente un sovrano semplice e benevolo, divenne il primo periodo di fioritura e di effettiva nascita della Medicina Tradizionale Cinese.
Durante la dinastia Han vennero redatti i quattro classici della medicina cinese: Huang Di Nei Jing (classico dell’imperatore giallo), Nan Jing (classico delle difficoltà) Shang Han Za Bing Lun (Il libro dei danni causati dal freddo e di altre malattie, oggi suddiviso in Shan Han Lun e Jin Gui Yao Lue [Prescrizioni del cofanetto d’oro]) e Shen Nong Ben Cao Jing (Materia Medica del dio dell’agricoltura).
Questi quattro classici vengono considerati anche oggi i testi fondamentali. Non esiste praticamente alcun libro moderno che non faccia riferimento ad almeno uno di questi quattro. Gli argomenti fondamentali che trattano sono i seguenti:
Questo classico descrive per la prima volta i fondamenti teorici della medicina cinese e dell’agopuntura. È stato redatto in forma di dialogo tra l’imperatore giallo (Huang Di) e il suo ministro Qi Bo. Il volume tratta tutti i principi fondamentali della medicina cinese: Yin-Yang, le cinque fasi di trasformazione, i 12 meridiani, gli organi ed altro.
Si concorda sul fatto che questo libro non sia stato scritto, come vuole la leggenda, tra il 2698 e il 2598 a.C. (presunto periodo in cui è vissuto l’imperatore giallo), ma solo nel secondo o primo secolo prima di Cristo, quindi all’inizio della dinastia Han. L’autore o (più probabile) gli autori sono sconosciuti.

Il Nan Jing ist è una spiegazione del classico Huang Di Nei Jing e ne amplia il contenuto concentrandosi sulla registrazione delle «equivalenze sistematiche» e sull’agopuntura e perfezionando la diagnosi del polso. Anche l’autore di quest’opera non è conosciuto. Il libro è stato scritto durante la fine della dinastia Han.
La fitoterapia non viene trattata nello Nan Jing. Il Nan Jing è la prima opera nella quale la medicina non è più legata alla demonologia e alla magia. Venne quindi posta fine all’unione di magia, demonologia e medicina molto diffusa ed accettata fino a quel periodo.
Anche questo classico è stato redatto da Zhang Zhong-Jing durante la fine della dinastia Han. È l’opera standard della terapia farmacologica cinese. Molte delle vecchie ricette cinesi applicate con successo ancora oggi sono tratte da questo testo.
A quei tempi, allo Shang Han Za Bing Lun venne conferita poca attenzione. Solo 1000 anni dopo questo classico venne «scoperto» dai medici della dinastia Ming.
Il volume del Shen Nong Ben Cao Jing è dedicato esclusivamente alla terapia farmacologica ed è il classico di farmacologia per eccellenza. L’opera descrive ben 365 farmaci vegetali, minerali e anche animali diversi, divisi nelle tre classi farmacologiche «superiore», «media» e «inferiore».
I farmaci superiori nutrono la vita, quelli medi la costituzione umana e possiedono in parte funzioni mediche. I farmaci inferiori vengono usati esclusivamente per il trattamento medico delle malattie.

I vari farmaci sono classificati anche in base a temperatura e gusto. Il Shen Nong Ben Cao Jing è stato scritto da autori sconosciuti alla fine della dinastia Han.
Durante le dinastie successive vennero perfezionati e sviluppati i concetti presentati nelle opere precedenti. Fino al 1000 d.C. circa non vennero più sviluppate nuove idee ed anche le «nuove idee» erano quasi sempre basate su concetti che erano stati descritti nei classici precedentemente menzionati.
Qui a seguito abbiamo incluso un elenco classificato in base alle dinastie di tappe principali e di medici molto famosi dei successivi 2000 anni di sviluppo della medicina tradizionale cinese:
Il celebre medico Sun Si-miao scrisse libri sulla terapia farmacologica e l’agopuntura. È il padre dei moderni poster dei meridiani dell’agopuntura, che si trovano per la prima volta nei suoi libri in questa forma.
Questo periodo è contrassegnato da grandi sviluppi e specializzazioni ed ha consentito la nascita di molte «nuove» teorie. Le quattro teorie più celebri sono state redatte dai quattro maestri di questo periodo: Liu Wan-su ha fondato la «Scuola del freddo»; Zhang Cong-Zheng ha ideato la «Scuola dell’attacco»; Li Dong-yuan ha fondato la «Scuola della tonificazione della terra»; e Zhu Dan-xi ha scritto la Scuola del «Rafforzamento dello Yin».
Le loro opere vengono tuttora considerate da molti esperti fondamentali per il trattamento delle malattie dei tempi moderni. Nel corso della dinastia Yuan venne fondata la prima università di medicina indipendente.
Yang Ji-zhou ha scritto lo Zhen Jiu Da Cheng (Il grande libro dell‘agopuntura) e Li Shi-zhen ha scritto il Ben Cao Gang Mu (Materia Medica). Il Zhen Jiu Da Cheng contiene ben 667 dei 670 punti d’agopuntura oggi accettati. Nel Ben Cao Gang Mu sono descritti e classificati in base alla teoria della MTC circa 2000 farmaci.
Dietro l’influsso delle ideologie occidentali si fecero sentire le prime critiche alla «vecchia» medicina. Diversi medici noti scrissero testi sugli errori della medicina. Il volume più noto è il Yi Lin Gai Cuo (Gli errori della medicina) di Wang Qing-ren.
Basandosi sul concetto sviluppato quasi 1500 anni prima di «danni causati dal freddo», diversi autori scrivono testi sulle patologie da calore. Ye Tian-shi, uno degli autori più conosciuti che ha trattato questo tema, pubblica le sue teorie nel Wen Re Lun (Il libro delle malattie da calore), considerato oggi un classico.
Nel 1929 la medicina tradizionale cinese venne quasi cancellata nella Repubblica Cinese ormai quasi completamente dominata dalle ideologie occidentali, in quanto «residuo di tempi feudali ». Solo le grandi proteste del popolo e dei medici che la praticavano salvarono la MTC da un divieto.
In seguito all’assunzione del potere da parte dei comunisti nell’anno 1949, subì quindi una rinascita leggermente ambigua; Mao Tse Tung pensava che la MTC dovesse essere «studiata e migliorata» in quanto scienza cinese. All’inizio degli anni cinquanta vennero quindi fondate università con programmi standardizzati.
Queste università erano dirette dai migliori medici cinesi di questo periodo, tutti dotati di grande esperienza e preparati tradizionalmente con l’antico sistema di maestro e discepolo. Negli anni 1958 e 1959 iniziò «The Great Leap Forward (Il grande salto in avanti)» e Mao Tse Tung si pose l’obiettivo di modernizzare la «vecchia medicina» integrandola con la medicina occidentale.
Ciò determinò l’inevitabile modifica della medicina tradizionale. Nell’anno 1966 iniziò il periodo terribile della rivoluzione culturale proletaria. Superstizioni e feudalismo dovevano essere sradicati e sparire per sempre dalla società e quindi anche dalla «vecchia medicina» istituzionalizzata.
Tutte le scuole vennero chiuse e medici tradizionali fino a quel momento riconosciuti vennero condannati ai lavori coatti nelle campagne. Molti dei più celebri e migliori medici di questi tempi morirono a seguito del duro lavoro fisico nelle campagne.
Dato che però l’agopuntura rappresentava una forma terapeutica estremamente utile per le masse e poiché a seguito della follia della rivoluzione culturale si stava rapidamente delineando una crisi sanitaria, vennero formati giovani uomini e donne fedeli al comunismo in corsi trimestrali di agopuntura e li si diffuse nel paese per offrire un servizio sanitario nelle regioni di campagna. Questi «medici» vennero chiamati «medici scalzi».
Negli anni settanta, dopo la fine della rivoluzione, la situazione iniziò a stabilizzarsi: le università vennero riaperte, vennero redatti libri di testo e definite formazioni standard, naturalmente tutto controllato dal partito politico e quindi sicuramente non sempre nell’interesse della medicina.
Negli anni 80 s’intraprese la «politica delle tre vie», che permise e che tuttora permette lo sviluppo parallelo della medicina tradizionale e di quella occidentale e delle loro combinazioni in quanto tre sistemi medici autonomi.
Nella Cina moderna, la MTC è strettamente legata alla medicina occidentale, molto più di quanto lo sia nel mondo occidentale. Anche se esistono ospedali che praticano la medicina cinese e quella occidentale, lo studio istituzionalizzato della MTC comprende anche la medicina occidentale e i medici di medicina cinese possono prescrivere farmaci occidentali.