Erste Zeichen eines medizinischen Systems existierten bereits in der Shang Periode (ca. 1600-1100) in China. Diese hat aber mit der Traditionellen Chinesischen Medizin, wie sie heute praktiziert wird, wenig gemeinsam.
In der Shang-Periode wurde noch weitgehend Ahnen-Medizin betrieben: Krankheiten waren ein Ausdruck der Wünsche von wütenden oder unzufriedenen Ahnen. Die Therapie bestand deshalb darin, die Ahnen mit weltlichen Gaben wie Essen, Kleidung, Tees und anderen «Opfergaben» zufrieden zu stellen.
Während der folgenden Zhou Periode (1027-221 v.Chr.), veränderte sich die praktizierte Medizin stark. Unter dem Einfluss der taoistischen und konfuzianischen Philosophien, welche unter anderem konzipiert wurden, um neue Ansätze für ein Ende der krigerischen Wirren dieser dunklen Zeit zu finden, entwickelte sich ein neues Medizinsystem.
Konfuzianische Gedanken wie die «systematischen Entsprechungen» (zum Beispiel «Yin und Yang» und «5 Wandlungsphasen») sowie taoistische Konzepte wie «Mikrokosmos-Makrokosmos» und «das Leben mit und im Fluss der Natur» prägten neue Ideen der Medizin. Diese legten die Grundsteine für die wenig später publizierten ersten Grundlagenwerke der noch heute praktizierten Chinesischen Medizin.
Kurz vor dem Jahr Null (221 v.Chr.) vereinte Shi Huang-Di China nach vielen hundert Jahren Krieg. Besessen vom Gedanken, alte Ideen auszurotten, ordnete er die Verbrennung aller Bücher an. Glücklicherweise schloss er die Bücher der Medizin, Forstwartung und Agronomie von dieser Verbrennung aus.
Shi Huang-Di normierte und standardisierte Titel, Wagenräderbreite, Masse und anderes. Er baute Strassen und Kanäle und errichtete eine grosse Hauptstadt, indem er Tausende von Familien umsiedelte. Auch die damals praktizierte Medizin wurde institutionalisiert und standardisiert. 
Die folgende Han Dynastie (206 v.Chr. – 220 n.Chr.), anfänglich von einem gütigen und einfachen Herrscher regiert, wurde zur ersten Blüte- und eigentlichen Ursprungszeit für die Traditionelle Chinesische Medizin.
Während der Han-Dynastie wurden die vier Klassiker der Chinesischen Medizin verfasst: Huang Di Nei Jing (Klassiker des Gelben Kaisers), Nan Jing (Klassiker der Schwierigkeiten) Shang Han Za Bing Lun (Das Buch von Kälteschaden und anderen Krankheiten; heute unterteilt in Shan Han Lun und Jin Gui Yao Lue [Verschreibungen des Goldenen Kabinetts]) und Shen Nong Ben Cao Jing (Materia Medica des Gottes des Ackerbaus).
Diese vier Klassiker gelten auch heute noch als Grundlagenwerke. Es gibt kaum ein modernes Buch, welches sich nicht auf mindestens eines dieser vier bezieht. Ihre Schwerpunkte sind:
Dieser Klassiker beschreibt zum ersten Mal die theoretischen Grundlagen der Chinesischen Medizin und der Akupunktur. Er wurde als Dialog zwischen dem Gelben Kaiser (Huang Di) und seinem Minister Qi Bo verfasst. Das Buch behandelt alle Grundprinzipien der Chinesischen Medizin: Yin-Yang, Fünf Wandlungsphasen, die 12 Leitbahnen, Organe und vieles andere mehr.
Man ist sich einig, dass dieses Buch nicht, wie die Legende es behauptet, zwischen 2698 und 2598 v. Chr. (angebliche Lebzeit des Gelbes Kaisers) geschrieben wurde, sondern erst im zweiten oder ersten Jahrhundert vor Christus, also in der frühen Han-Dynastie. Der Autor oder (wahrscheinlicher) die Autoren sind unbekannt.

Der Nan Jing ist eine Erklärung des Klassikers Huang Di Nei Jing und erweitert dessen Inhalt: Es konzentriert sich auf die Aufnahme der «systematischen Entsprechungen» und der Akupunktur und verfeinert die Pulsdiagnostik. Auch der Autor dieses Werks ist nicht bekannt. Das Buch wurde während der späten Han-Dynastie geschrieben.
Die Kräutertherapie wird im Nan Jing nicht behandelt. Der Nan Jing war das erste Werk, in welchem die Medizin nicht mehr mit Dämonie und Magie verbunden wurde. Der bis anhin weit verbreiteten und akzeptierten Verbindung von Magie, Dämonie und Medizin wurde somit ein Ende gesetzt.
Dieser Klassiker wurde von Zhang Zhong-jing ebenfalls während der späten Han-Dynastie verfasst. Es ist ein Standardwerk für die chinesische Arzneimitteltherapie. Viele der altchinesischen Rezepturen, welche auch heute noch rege Anwendung finden, stammen aus diesem Buch.
Dem Shang Han Za Bing Lun wurde in seiner Zeit wenig Beachtung geschenkt. Erst ca. 1000 Jahre später wurde dieser Klassiker von Ärzten der Ming-Dynastie «entdeckt».
Das Buch Shen Nong Ben Cao Jing widmet sich ausschliesslich der Arzneimitteltherapie und ist der Klassiker der Arzneimittellehre. Das Werk beschreibt bereits 365 verschiedene pflanzliche, mineralische und auch tierische Arzneien. Diese sind in die drei Klassen «obere», «mittlere» und «tiefere» Arzneien verteilt.
Die oberen Arzneien nähren das Leben, die mittleren Arzneien nähren die menschliche Konstitution und besitzen zum Teil medizinische Funktionen. Die unteren Arzneien werden ausschliesslich zur medizinischen Behandlung von Krankheiten eingesetzt. 
Die verschiedenen Arzneien sind auch klassifiziert nach Temperatur und Geschmack. Der Shen Nong Ben Cao Jing wurde von unbekannten Autoren in der späten Han-Dynastie geschrieben.
Während den folgenden Dynastien wurden die Konzepte, welche in den obigen Werken vorgelegt wurden, verfeinert und entwickelt. Ganz neue Ideen wurden bis ungefähr 1000 n.Chr. keine mehr entwickelt. Und selbst «neue Ideen» basierten zumeist auf Konzepten welche in den oben erwähnten Klassikern beschrieben wurden.
Nachfolgend eine nach Dynastien geordnete Auflistung von Meilensteinen und sehr berühmten Ärzten der folgenden 2000-jährigen Entwicklung der Traditionellen Chinesischen Medizin:
Der berühmte Arzt Sun Si-miao schrieb Bücher über Arzneimitteltherapie und Akupunktur. Er ist der Vater der modernen Akupunktur-Leitbahnen-Poster, welche in dieser Art zum ersten Mal in seinen Büchern gefunden wurden.
Eine Periode grosser Entwicklung und Spezialisierung prägte diese Zeit und ermöglichte das Entstehen vieler «neuer» Theorien. Die vier berühmtesten Theorien werden von den vier Meistern dieser Zeit verfasst: Liu Wan-su gründet die «Schule des Kühlens»; Zhang Cong-zheng konzipiert die «Schule der Attacke»; Li Dong-yuan gründet die «Schule der Stärkung der Erde»; und Zhu Dan-xi verfasst die Schule der «Stärkung von Yin».
Ihre Werke werden von vielen Experten noch heute als grundlegend in der Behandlung von neuzeitlichen Krankheiten angesehen. In der Yuan Dynastie wurde die erste unabhängige medizinische Universität ins Leben gerufen.
Yang Ji-zhou schrieb Zhen Jiu Da Cheng (Das Grosse Buch der Akupunktur) und Li Shi-zhen verfasste den Ben Cao Gang Mu (Materia Medica). Der Zhen Jiu Da Cheng enthält bereits 667 der heute 670 akzeptierten Akupunkturpunkte. Im Ben Cao Gang Mu wurden ungefähr 2000 Arzneimittel nach der Theorie der TCM beschrieben und klassifiziert.
Unter dem Einfluss westlicher Ideologien wurde Kritik an der «alten» Medizin laut. So schrieben verschiedene berühmte Ärzte über die Fehler der Medizin. Das berühmteste Buch ist Wang Qing-ren's Yi Lin Gai Cuo (Die Fehler des medizinischen Waldes).
In Anlehnung an das beinahe 1500 Jahre früher entwickelte Konzept vom «Kälteschaden» verfassen verschiedene Autoren Bücher zu Wärme-Krankheiten. Ye Tian-shi, als einer der berühmtesten Autoren zu diesem Thema, veröffentlicht seine Theorien im heute als Klassiker geltenden Wen Re Lun (Das Buch der Wärmekrankheiten).
Als ein «Überbleibsel der feudalen Zeit» wurde die Traditionelle Chinesische Medizin in der nunmehr von westlichen Ideologien beherrschten Republik China im Jahre 1929 beinahe ausgelöscht. Nur grosser Prostest vom Volk und den praktizierenden Ärzten rettete die TCM vor einem Verbot.
Nach der Machtübernahme der Kommunisten im Jahre 1949 erfuhr sie dann eine vielleicht etwas zwiespältige Wiederbelebung; die TCM sollte als chinesisches Eigenwerk «erforscht und verbessert werden», fand Mao Ze-dong. In den frühen fünfziger Jahren wurden somit Universitäten mit standardisierten Programmen gegründet.
Diese wurden von den besten und erfahrensten chinesischen Ärzten dieser Zeit, alle noch im alten Meister-Schüler Verfahren traditionell ausgebildet, angeführt. In den Jahren 1958 und 1959 begann «The Great Leap Forward» und Mao Ze-dong setzte sich zum Ziel, die «alte Medizin» zu modernisieren und mit der westlichen Medizin zu komplementieren.
Dies führte zu einer unweigerlichen Veränderung der traditionellen Medizin. Im Jahre 1966 begann die schreckliche Zeit der proletarischen Kulturrevolution. Aberglauben und Feudalismus sollten aus der Gesellschaft und somit auch aus der institutionalisierten «Alten Medizin» ausgemerzt werden und für immer verschwinden.
Alle Schulen wurden geschlossen und die noch vor kurzem anerkannten traditionellen Mediziner wurden zur Zwangsarbeit aufs Land geschickt. Viele der berühmtesten und besten Ärzte dieser Zeit erlagen der harten körperlichen Landarbeit.
Weil aber Akupunktur eine äusserst nützliche Therapieform für die Massen war und sich mit dem Irrsinn der Kulturrevolution schnell eine Gesundheitskrise anbahnte, wurden junge, dem Kommunismus treue Männer und Frauen in dreimonatigen Akupunktur-Kursen ausgebildet und im Land verteilt, um ländliche Regionen medizinisch zu versorgen. Diese «Mediziner» wurden «Barfuss-Ärzte» genannt.
Nach dem Ende der Kulturrevolution in den siebziger Jahren, begann sich die Lage wieder langsam zu stabilisieren: Universitäten wurden wieder eröffnet, Textbücher wurden verfasst und Standardausbildungen definiert, natürlich alles von der politischen Partei überwacht und deshalb sicherlich nicht immer im Interesse der Medizin.
In den 80er Jahren wurde die «Drei-Pfade-Politik» eingeschlagen, welche die traditionelle und westliche Medizin und deren Kombination als drei eigene medizinische Systeme parallel entwickeln liess und lässt.
Im modernen China ist die TCM stark mit der westlichen Medizin verbunden, stärker als dies im Westen der Fall ist. Obwohl es eigene Spitäler für Chinesische Medizin und für westliche Medizin gibt, beinhaltet das institutionalisierte Studium der TCM auch westliche Medizin und alle Ärzte für Chinesische Medizin können westliche Medikamente verschreiben.